As principais desvantagens de um COE Estruturado são a complexidade e a burocracia envolvidas. O processo de implementação de um COE Estruturado é muito mais complexo do que o de um COE Não Estruturado, pois exige a definição de regras e procedimentos para todos os processos da empresa. Além disso, o processo de implementação é muito burocrático, pois exige a aprovação de todos os envolvidos, o que pode levar a longos períodos de espera.
Outra desvantagem de um COE Estruturado é que ele pode ser muito rígido e inflexível. Uma vez que as regras e procedimentos são definidos, eles não podem ser facilmente alterados, o que pode limitar a capacidade da empresa de se adaptar a mudanças no ambiente de negócios.
Finalmente, um COE Estruturado pode ser muito caro de implementar e manter. O processo de implementação exige a contratação de profissionais especializados, o que pode ser muito caro. Além disso, o processo de manutenção exige a contratação de profissionais para monitorar e atualizar as regras e procedimentos, o que também pode ser caro.